JOPSS:検索結果一覧

論文

The Catalytic mechanism of decarboxylative hydroxylation of salicylate hydroxylase revealed by crystal structure analysis at 2.5 resolution

上村拓也*; 喜田昭子*; 渡邉佳彦*; 安達基泰; 黒木良太; 森本幸生*

Biochemical and Biophysical Research Communications, 469(2), p.158 - 163, 2016/01

https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2015.11.087

被引用回数：16 パーセンタイル：50.44(Biochemistry & Molecular Biology)

The X-ray crystal structure of a salicylate hydroxylase from S-1 complexed with coenzyme FAD has been determined to a resolution of 2.5. Structural conservation with - or -hydroxybenzoate hydroxylase is very good throughout the topology, despite a low amino sequence identity of 20-40% between these three hydroxylases. Salicylate hydroxylase is composed of three distinct domains and includes FAD between domains I and II, which is accessible to solvent. In this study, which analyzes the tertiary structure of the enzyme, the unique reaction of salicylate, i.e. decarboxylative hydroxylation, and the structural roles of amino acids surrounding the substrate, are considered.

論文

Internal dynamics of F-actin and myosin subfragment-1 studied by quasielastic neutron scattering

松尾龍人; 荒田敏昭*; 小田俊郎*; 中島健次; 河村聖子; 菊地龍弥; 藤原悟

Biochemical and Biophysical Research Communications, 459(3), p.493 - 497, 2015/04

https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2015.02.134

被引用回数：4 パーセンタイル：12.91(Biochemistry & Molecular Biology)

Various biological functions related to cell motility are driven by the interaction between the partner proteins, actin and myosin. To obtain insights into how this interaction occurs, the internal dynamics of F-actin and myosin subfragment-1 (S1) were characterized by quasielastic neutron scattering measurements on the solution samples of F-actin and S1. Contributions of the internal motions of the proteins to the scattering spectra were separated from those of the global macromolecular diffusion. Analysis of the spectra arising from the internal dynamics showed that the correlation times of the atomic motions were about two times shorter for F-actin than for S1, suggesting that F-actin fluctuates more rapidly than S1. It was also shown that the fraction of the immobile atoms is larger for S1 than for F-actin. These results suggest that F-actin actively facilitates the binding of myosin by utilizing the more frequent conformational fluctuations than those of S1.

論文

Chemical repair of base lesions, AP sites, and strand breaks on plasmid DNA in dilute aqueous solution by ascorbic acid

端邦樹; 漆原あゆみ; 山下真一; 鹿園直哉; 横谷明徳; 勝村庸介*

Biochemical and Biophysical Research Communications, 434(2), p.341 - 345, 2013/05

https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2013.03.075

被引用回数：8 パーセンタイル：23.93(Biochemistry & Molecular Biology)

In order to clarify whether ascorbic acid, which is a major antioxidant in living systems, chemically repairs radiation damage to DNA. We quantified the yields of base lesions, AP sites and single strand breaks (SSBs) produced in plasmid DNA by -irradiation in the presence of ascorbic acid with concentrations of 10-100 MM. By comparing the suppression efficiencies to the induction of each DNA lesion, it was found that ascorbic acid promotes the chemical repair of precursors of AP-sites and base lesions more effectively than those of single strand breaks. We estimated the efficiency of the chemical repair of each lesion using a kinetic model. Approximately 50-60% of base lesions and AP-sites were repaired by 10 M ascorbic acid, although strand breaks were largely unrepaired by ascorbic acid at low concentrations. The methods in this study will provide a route to understanding the mechanistic aspects of antioxidant activity in living systems.

論文

Coupling of the hydration water dynamics and the internal dynamics of actin detected by quasielastic neutron scattering

藤原悟; Plazanet, M.*; 小田俊郎*

Biochemical and Biophysical Research Communications, 431(3), p.542 - 546, 2013/02

https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2013.01.021

被引用回数：4 パーセンタイル：11.19(Biochemistry & Molecular Biology)

Quasi-elastic neutron scattering experiments of powder samples of F-actin and G-actin, hydrated either with D $_{2}$ O or H $_{2}$ O, at hydration ratios of 0.4 and 1.0, were performed. Combined analysis of the quasi-elastic neutron scattering spectra provided the parameters characterizing the water dynamics in the first hydration layer and those outside of the first layer. The translational diffusion coefficients (D $_{T}$ ) of the hydration water in the first layer were found to be 1.2 10 $^{-5}$ cm $^{2}$ /s and 1.7 10 $^{-5}$ cm $^{2}$ /s for F-actin and G-actin, respectively, while that for bulk water was 2.8 10 $^{-5}$ cm $^{2}$ /s. The residence times were 6.6 ps and 5.0 ps for F-actin and G-actin, respectively, while that for bulk water was 0.63 ps. These differences between F-actin and G-actin, indicating that the hydration water around G-actin is more mobile than that around F-actin, are in concert with the results of the internal dynamics of F-actin and G-actin, showing that G-actin fluctuates more rapidly than F-actin. This implies that the dynamics of the hydration water is coupled to the internal dynamics of the actin molecules. The D $_{T}$ values of the water molecules outside of the first hydration layer were found to be similar to that of bulk water though the residence times are strongly affected by the first hydration layer. This supports the recent observation on intracellular water that shows bulk-like behavior.

論文

Functional aberration of myofibrils by cardiomyopathy-causing mutations in the coiled-coil region of the troponin-core domain

松本富美子; 前田佳代*; 茶竹俊行*; 前田雄一郎*; 藤原悟

Biochemical and Biophysical Research Communications, 382(1), p.205 - 209, 2009/04

https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2009.03.009

被引用回数：15 パーセンタイル：37.83(Biochemistry & Molecular Biology)

心筋症発症に関連する筋収縮調節蛋白質トロポニンT(TnT)の2種類の変異体(E244D, K247R)の変異部位は、Tn-コア領域のコイルドコイル領域に存在する。この領域の変異がTnの調節機構に及ぼす影響を明らかにするために、TnTのこの部位でのさまざまな変異体を含む筋原繊維のカルシウム依存性ATP分解活性を測定した。その結果、疾病関連変異体E244Dは、カルシウム感受性を変化させずに最大ATP分解活性を増大させることを確認するとともに、変異体K247Rも同様の効果を持つことを初めて明らかにした。さらにさまざまな変異体(E244D, E244M, E244A, E244K, K247R, K247E, and K247A)は、カルシウム感受性の変化はないが、最大ATP分解活性についてさまざまな影響を与えることが明らかとなった。これらの変異体を含むTnコアの分子動力学計算の結果、変異部位付近の水素結合ネットワークがTnの機能発現に重要であることが示唆された。

論文

Analysis of internal motions of interleukin-13 variant associated with severe bronchial asthma using $^{15}$ N NMR relaxation measurements

吉田雄一郎*; 大栗誉敏*; 武田知香*; 黒木良太; 出原賢治*; 井本泰治*; 植田正*

Biochemical and Biophysical Research Communications, 358(1), p.292 - 297, 2007/06

https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2007.04.128

被引用回数：4 パーセンタイル：9.9(Biochemistry & Molecular Biology)

インターロイキン-13(IL-13)に生じた一塩基多形(R110Q-IL-13)は、IL-13とその受容体であるIL-13Rとの親和性を低下させ気管支喘息を悪化させる。変異部位は直接受容体との相互作用部位に位置していないため、野生型IL-13とIL-13-R110Qの内部運動がどのように変化しているかを調べるため、NMRによる緩和実験を実施した。その結果、IL-13-R110Qにおいてはマイクロ秒からミリ秒の時間スケールで、受容体の相互作用にかかわるD-へリックスの内部運動が増大していることがわかった。この内部運動の変化がIL-13の受容体への親和性を低下させている可能性がある。

論文

PprI: A General switch responsible for extreme radioresistance of

Hua, Y.*; 鳴海一成; Gao, G.*; Tian, B.*; 佐藤勝也; 北山滋; Shen, B.*

Biochemical and Biophysical Research Communications, 306(2), p.354 - 360, 2003/06

https://doi.org/10.1016/S0006-291X(03)00965-3

被引用回数：151 パーセンタイル：95.72(Biochemistry & Molecular Biology)

放射線抵抗性細菌デイノコッカス・ラジオデュランスの放射線高感受性変異株の解析から、DNAの修復と損傷防御機構を担う主要スイッチタンパク質PprIを同定した。放射線高感受性変異株では、この遺伝子がトランスポゾンの挿入によって機能を失っていた。この遺伝子を完全に破壊すると放射線感受性が増大し、野生型遺伝子を導入すると放射線耐性が復帰した。放射線照射に伴い、PprIは遺伝子及び遺伝子の発現を誘導するとともに、カタラーゼ活性をも助長した。これらの結果は、PprIタンパク質が、放射線応答におけるDNAの修復と防御の調節機構に重要な役割を果たしていることを強く示唆している。

論文

Solubilization of endothelin receptors from bovine lung plasma membranes in a non-aggregated state and estimation of their minimal functional sizes

萩原啓美*; 小塚正道*; 江口暁*; 柴部禎巳; 伊東貞三*; 広瀬茂久*

Biochemical and Biophysical Research Communications, 172(2), p.576 - 581, 1990/10

https://doi.org/10.1016/0006-291X(90)90712-V

被引用回数：14 パーセンタイル：39.57(Biochemistry & Molecular Biology)

エンドセリンは強力な血管収縮作用をもつペプチドであり、生体内で組織特異的な受容体をもつことがしられている。この受容体を可溶化し、その最小機能サイズとリガンド結合の化学的性質をしらべた。可溶化剤としては0.4%ディジトニンと0.25%CHAPSの混液がもっとも有効であった。ゲル濾過法により34と52kDaの2種の受容体のあることが判明した。この値はアフィニティラベリング法、SDS-ポリアクリルアミド・ゲル電気泳動法による結果と一致し、最小機能サイズに対応する。チオール基阻害剤であるp-chloromercuriphenyl sulfonic acidで処理すると結合活性が低下することから、受容体のリガンド結合部位には、SH基が重要な役割をはたしているものと考えられる。なお受容体タンパク質の分画・確認にはバイオイメージアナライザを使用した。

論文

Mechanism of activation of particulate guanylate cyclase by atrial natriuretic peptide as deduced from radiation inactivation analysis

大内俊治*; 萩原浩美*; 石堂正美; 藤田哲郎*; 久米民和; 石垣功; 広瀬茂久*

Biochemical and Biophysical Research Communications, 158(2), p.603 - 609, 1989/01

https://doi.org/10.1016/S0006-291X(89)80092-0

被引用回数：9 パーセンタイル：30.61(Biochemistry & Molecular Biology)

放射線失活法により、ANPレセプター(Rc)とグアニレートサイクレース(GC)の間の相互作用を検討した。ウシ肺膜の照射により、GC活性は高線量では著しい失活がおこるが低線量では増加することが認められた。予めANPで処理しておいたウシ肺膜では、Gc活性は指数関数的に減少した。腎臓膜でも同様の結果が得られた。これらの放射線失活に関するデータから、ANPによるグアニレートサイクレースの活性化に関する、次のような解離メカニズムを推定した:Rc・GC(不活性)+ANPRc・ANP+GC(活性)

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